《藥師懺》正是說明藥師如來的誓愿而離苦得樂的行法，是天溪大覺寺受登在康熙三年（1664）纂集，稱為《藥師三昧行法》?！端帋熑列蟹ā穬?nèi)容包括：（1）定名，敘述藥師三昧名稱的緣由；（2）勸修，勸誡修習(xí)本三昧，則所求長壽、富饒、官位、男女等，皆得順?biāo)?；?）方法，揭示供養(yǎng)藥師如來的方法；（4）釋疑，因當(dāng)時(shí)住生西方凈土的思想極為流行，所以作釋疑，以肯定本行法為致福消災(zāi)之要法及明心作佛的秘典。

在《藥師三昧行法》的方法中，總共包括有十項(xiàng)內(nèi)容：（1）嚴(yán)道場，列出莊嚴(yán)道場的方法，在閑靜的堂室，用新土填地，懸掛新寶蓋及五色幡，正中安置藥師像，在左面安置日光菩薩像，在右面安置月光菩薩像，外面用欄桿圍起來。（2）凈三業(yè)，修行者應(yīng)該穿著新做的或干凈的衣服，齋戒素食，沐浴清凈，然后才進(jìn)道場。（3）修供養(yǎng)，行者入道場后，應(yīng)該憶念藥師佛的本愿功德，然后手執(zhí)香爐，唱：“一心頂禮十方法界常住佛，一心頂禮十方法界常住法，一心頂禮十方法界常住僧”，其次，維那呼：“是諸眾等，各各互跪，嚴(yán)持香花，如法供養(yǎng)”，然后大眾同音唱：“愿此香花云，遍滿十方界，一一諸佛土，無量香莊嚴(yán)，具足菩薩道，成就如來午”。（4）請三寶諸天，即奉請釋迦牟尼佛、藥師佛等諸佛世尊，藥師琉璃光本愿經(jīng)等法寶，日光遍照菩薩、月光遍照菩薩等諸大菩薩，十二藥叉神將等天龍八部，希望三寶及護(hù)法神將能降臨道場。（5）贊嘆，贊嘆藥師佛的功德。（6）禮敬，即禮拜前面所奉請的三寶及護(hù)法龍?zhí)?。?）發(fā)愿持咒，即是發(fā)藥師佛的十二大愿，然后再誦《藥師灌頂真言》一百零八遍。（8）懺悔，誦懺悔文，愿諸業(yè)障消滅，同得清凈。（9）行道旋繞，具足威儀，右繞佛座，大眾同音唱：“南無十方佛、南無十方法、南無十方僧、南無本師釋迦牟尼佛、南無教主藥師琉璃光佛、南無藥師如來本愿功德經(jīng)、南無日光遍照菩薩、南無月光遍照菩薩、南無曼殊室利菩”，三遍或七遍，到佛像前唱三歸依。（10）思惟義處，即是觀想藥師佛的身相光明，修習(xí)三昧。

由于《藥師三昧行法》的文字說明太多，而且行儀不夠詳細(xì)，所以后來又有人重新編纂了《消災(zāi)延壽藥師懺法》三卷，現(xiàn)代寺院舉行藥師法會，多用此本。在《消災(zāi)延壽藥師懺法》開頭，首先嚴(yán)凈壇場，唱《楊枝凈水贊》，念《大悲咒》若干遍，繞壇場一周，然后唱回向偈。其次，開懺頭，這是清代以來各種懺法比較常見的儀式，唱《爐香贊》及各種供養(yǎng)偈，最后宣讀文疏。在《消災(zāi)延壽藥師懺法》每一卷中，都是先禮拜“南無毗盧遮那佛、南無本師釋迦牟尼佛、南無藥師琉璃光如來…”等三寶，接著念一段懺悔文，然后念《藥師灌頂真言》七遍或四十九遍，最后唱《藥師贊》。

《消災(zāi)延壽藥師懺法》是現(xiàn)代佛教經(jīng)常使用的懺法，許多居士在生日及祈福的時(shí)候，都請僧人們禮拜此懺。

《藥師懺》是以藥師如來為本尊而舉行的懺悔罪障的修行法門，是依據(jù)《藥師如來本愿功德經(jīng)》而作成的一種懺法。